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  • MIT researchers have collected and preserved samples of nearly 8,000 strains of bacteria found in the human digestive tract.

    MIT researchers have collected and preserved samples of nearly 8,000 strains of bacteria found in the human digestive tract.

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A comprehensive catalogue of human digestive tract bacteria

MIT researchers have collected and preserved samples of nearly 8,000 strains of bacteria found in the human digestive tract.

研究ers identify nearly 8,000 strains of bacteria, while also clarifying their genetic and metabolic context.


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人体消化道是家里十万个细菌的不同菌株。许多这些都是有益的,而其他的健康问题,如炎症性肠病贡献。从澳门太阳城最新网站和Broad研究所的研究人员有近8000这些菌株的分离,现在和保存的样品,同时还澄清他们的遗传和代谢方面。

这组数据(生物毫升),这是提供给谁想要使用它的其他研究人员,应有助于在人类肠道微生物种群的动态变化揭示,并可能帮助科学家开发新的治疗方法用于各种疾病,说埃里克·阿尔姆,澳门太阳城最新网站的中心主任对微生物信息学和治疗学和澳门太阳城最新网站生物工程教授土木与环境工程和。

“有很多兴奋的在微生物领域,因为有这些细菌与健康和疾病之间的关联。但我们缺乏能够明白这是为什么,有什么机制,什么是那些使他们与疾病关联的细菌的功能,说:” ALM,谁是这项研究的首席作者。

研究人员采集的粪便样本约90人,时间长达两年,让他们深入了解人口超过个人时间内微生物如何变化。这项研究侧重于居住在波士顿地区的人,但研究小组正在搜集来自世界各地的样本更大的多样性,保护居住在工业化社会中,人们没有发现的微生物菌株的希望。

“比以往任何时候,现代技术使我们能够隔离先前未培养人的肠道菌群。探索这种遗传和功能多样性是迷人的 - 我们到处寻找,我们发现新事物。我相信,与生活不同的生活方式的个体株的大多样性丰富生物银行是在人类微生物组研究的未来进步至关重要,”玛蒂尔德波耶特,在澳门太阳城最新网站的资深博士后和研究的主要作者之一说。

MIT research associate Mathieu Groussin and former postdoc Sean Gibbons are also lead auth要么s of the study, which appears in the Sept. 2 issue of 自然医学. Ramnik Xavier, a professor of medicine at Harvard Medical School and member of the Broad研究所, is a senior auth要么 of the study along with Alm.

微生物动态

人类有细菌细胞万亿的消化道,虽然科学家们认为,这些人口变化,随着时间的推移,很少有机会观察这一点。通过 openbiome organization, which collects stool samples f要么 research and therapeutic purposes, Alm and his colleagues at MIT and the Broad研究所 had access to fecal samples from about 90 people.

F要么 most of their analysis, the researchers focused on microbes found in about a dozen individuals who had provided samples over an extended period, up to two years.

“这是一个难得的机会,我们认为这将是一个巨大的个体集合,真正尝试向下挖掘,更彻底表征微生物种群,” ALM说。 “迄今为止不曾有过一吨的纵向研究中,我们想让我们的研究的一个重点,所以我们可以理解的变化是什么日子到一天。”

研究人员能够共7758株主宰人类的胃肠道细菌的六大门类隔离。对于这些菌株的3632,研究人员测序其全部的基因组,他们也测序其余毒株的部分基因组。

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普通拟杆菌 coexisting within a host, all of which appeared to have diverged from one ancest要么 strain within the host. In another case, one strain of turicibacter血统 completely replaced a related strain of the same species nearly overnight.

“This is the first time we’re getting a glimpse of these really different dynamics,” Alm says.

人口变化

研究人员还测量了粪便样本中发现了许多代谢产物的量。该分析显示,在氨基酸水平的变化密切与一个人内随时间的微生物种群变化联系起来。然而,在不同的人的微生物种群的组成之间的差异更紧密地与不同程度的胆汁酸,从而帮助消化有关。

研究人员不知道到底是什么产生氨基酸和胆汁酸水平这些差异,但说他们可以通过饮食的影响 - 他们希望在今后的研究调查的连接。他们也取得了所有在网上提供的数据,并提供额外的分离,允许其他科学家研究人类健康这些菌株的功能和它们的潜在作用的细菌菌株的样品。

“细菌分离的全面和高分辨率集合打开机械地探讨我们的生活方式如何影响我们的肠道微生物,新陈代谢和炎症的可能性。我们的目标是提供这样的资源来研究世界各地的社区,包括低收入研究机构,” groussin说。

研究人员也开始较大规模的项目,来自世界各地的人群更大的多样性采集微生物样本。他们特别注重弱势族群的谁住在非工业化的社会,因为他们的饮食和微生物组预计将来自那些生活在工业化社会中,人们很不同。

“这可能是因为随着人口已经生活的传统生活方式开始切换到一个更工业化的生活方式,他们可能会失去很多生物多样性的。所以我们要做的主要事情之一是保护它,再后来我们就可以回去要把它描绘成好,” ALM说。

The research was funded by a Broad Next 10 grant from the Broad研究所.


主题: 研究, 生物工程, 土木与环境工程, 微生物, basteria, 健康, 遗传学, Broad研究所, 工程学院

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